Problema
La interfaz gráfica de BackupPC no tiene ninguna opción para borrar un determinado backup del servidor de BackupPC.
Solución
Eliminar backups del servidor de BackupPC es una tarea que se puede realizar fácilmente empleando el terminal.
cd /var/lib/BackupPC/pc/<client>/
ls
rm -fR <backup_number>
Después de ésto se habrá liberado el espacio que ocupaba el backup, pero para eliminarlo de la lista de backups de la interfaz gráfica tenemos que editar el archivo backups del directorio correspondiente al cliente:
nano /var/liv/BackupPC/pc/<client>/backups
Eliminamos con ctrl+k
la línea que tenga el <backup_number>
Enlaces
http://blackbird.si/deleting-backup-from-backuppc-manually/